払いすぎた賃金を返還させる方法

当社の社員Ｙが，転居して通勤費用が従前より下がったにもかかわらず、その旨を会社に申告しなかったため、３年にわたり通勤手当を過分に受給していたことが判明しました。Ｙは悪意があった訳ではなさそうなので懲戒処分は留保していますが、過払い分を返還させようと思います。